Manuele therapie is een differentiatie van fysiotherapie en richt zich eveneens op het bewegingsstelsel. De manuele therapeut behandelt de patiënt na verwijzing van een dierenarts, bijvoorbeeld als onderdeel van een revalidatietraject na een operatie of herstel na een blessure. Uitgangspunt is het opsporen en herstellen van afwijkende (te kleine of te grote) beweeglijkheid en functie van de gewrichten en de wervelkolom door manipulatieve en/of mobiliserende technieken.
De manuele therapie is gericht op het gehele bewegingssysteem en accepteert asymmetrie en individuele voorkeur voor functie. Door de manipulatie wordt de functie (bewegingsmogelijkheid) hersteld. Een asymmetrische stand wordt niet aangepast, maar geaccepteerd als een eigenschap die per individu verschilt.
Manuele therapie gaat uit van beweeglijkheid en functionaliteit, terwijl AOMD uitgaat van anatomie, en afwijkende standen van de wervels of gewrichten die beperkingen in beweging of functie veroorzaken. Manuele therapie is een differentiatierichting van fysiotherapie, en wordt uitgeoefend door dierenartsen, maar voornamelijk door (dier)fysiotherapeuten. Fysiotherapeuten en dierenartsen kunnen in Nederland een cursus (18 dagen) manuele therapie voor honden en katten volgen. Er is geen overkoepelend orgaan voor manueel therapeuten bij dieren.