Hydrotherapie is (onderdeel van) een fysiotherapeutische behandeling op advies en na verwijzing van een dierenarts. De dierfysiotherapeut kan hierbij gebruik maken van een aquatrainer; een bak die gevuld kan worden met water, met een loopband op de bodem, zodat de hond gecontroleerd kan bewegen. Daarnaast kan hydrotherapie worden gegeven in een zwembad of in buitenwater in de zomer. Indicaties voor hydrotherapie zijn bijvoorbeeld: revalidatie na een operatie of blessure, waarbij het opbouwen van spierkracht en uithoudingsvermogen gewenst zijn. Hydrotherapie of zwemtraining kan een nuttige bijdrage leveren aan herstel en revalidatie, maar is in bepaalde gevallen gecontra-indiceerd. Ook moet men rekening houden met de omstandigheden, zoals de aard van de waterkant (steile helling of trap), en het uitschudden na het zwemmen.
In de AOMD wordt zwem- of hydrotherapie gebruikt als aanvullende therapie, indien geïndiceerd.